Su sede central está situada en el complejo edilicio de la Av. Antártida Argentina 1355 de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, el que incluye al Antiguo Hotel de Inmigrantes, construido a principios de siglo XX.

La Direccion Nacional de Migraciones posee 21 delegaciones en el interior del país y 7 oficinas migratorias. También dependen del organismo los actuales pasos fronterizos en un número que fluctúa, en función de habilitaciones solicitadas y necesidades operacionales, en alrededor de 230, en los cuales se lleva a cabo el control de ingreso y egreso de personas al territorio nacional.